Otro factor fundamental en el origen de la salsa lo constituyen los ritmos africanos que los esclavos africanos mantenían en sus ritos religiosos, conservación posibilitada por la asimilación de sus dioses, los orishas, a los santos católicos.

Es importante también en la constitución de los ritmos salseros, la inmigración proveniente de Haití en Cuba. Una primera oleada introdujo la contradanza criolla, una versión criolla de la contradanse con influencia africana en la instrumentación y la interpretación. La segunda oleada de inmigrantes llegó a mediados del siglo XIX proveniente de la República de Haití, lo que contribuiría al nacimiento del son cubano.

Ritmos de África, música de Cuba: La tradición vocal y los ritmos de tambores son una parte central en las prácticas religiosas y sociales de los africanos. Un aspecto relevante es el de musicalidad compartida. Uno de los músicos toca un ritmo específico y único (la clave) y el resto tocan juntos formando un polirritmo. Los polirritmos son un componente esencial en la música salsa. Las claves más comunes son de son, de rumba y de samba; todas descendientes de la clave africana.
El coro-pregón es otro legado proveniente de las ceremonias religiosas, donde los cantos eran dirigidos por un líder social o religioso.

El método de composición en la Cuba de la segunda mitad del siglo XIX variaba de acuerdo a la situación geográfica. En el Oriente, la música se basaba en una progresión rítmica de acordes sencillos que acompañaban letras improvisadas que obedecían la clave. Todas estas son características que están presentes en la salsa. La música del Occidente era más europea. Los instrumentos recordaban a los encontrados en las orquestas francesas. Esta conservación de la estructura orquestal, instrumentos y músicos especializados después facilitaría la entrada del Jazz en la música Cubana.

Cuando Cuba pasó a ser una colonia independiente, lo que antes era una diferencia geográfica, se convirtió en una estratificación social en la capital: la música europea para las clases altas de blancos y la música de Oriente para las clases bajas de negros.

Cuba Mestiza: El cinquillo caribeño llegó a la danza y las habaneras cubanas por medio de la contradanza criolla. Los bailes de estas formas musicales dejaron de ser actividades de grupo para convertirse en bailes de pareja. La individualización del baile preparó el terreno para la introducción del movimiento africano en los derivados de la contradanse. El mestizaje ocurrido en el baile fue mejor aceptado por comunidades de color que por la élite gobernante conservadora.
La influencia norteamericana durante la dictadura de Batista trajo actuaciones de artistas estadounidenses, lo que abrió el camino para la influencia del jazz en la salsa. El mambo pasó a ser reconocido como un género en sí mismo en los años ’40. El chachachá, otro descendiente de la sección de nuevo ritmo, al contrario que el mambo era todavía tocado por las charangas (flauta y violín) y conservó un tiempo medio. El gran cambio fue la introducción de la conga. Ambos estilos se extendieron rápidamente por el resto del mundo.

Cuba Revolucionaria y después: Fidel Castro subió al poder en 1959. El embargo estadounidense a Cuba no pudo impedir que se escapasen nuevos ritmos; los más notables el songo y el mozambique. Pero redujo la presencia cubana en el escenario mundial. Surgen así tres nuevos centros de la salsa: Nueva York, Miami y Colombia.
En Nueva York, los inmigrantes provenientes de Puerto Rico abandonan la música folclórica portorriqueña como la bomba o la plena –excepto quizá Willie Colón-, en favor de la música afrocubana. Miami fue el destino elegido por muchos de los cubanos exiliados. La salsa en Miami está relativamente politizada. El carnaval y el fomento de la salsa en Miami provienen en gran medida de un activismo político de derechas. Allí, la salsa es un símbolo de deseo: el de una Cuba sin Castro. En Colombia, el gran peso del país como centro de salsa se puede ver en su gran contribución de talentos e innovaciones rítmicas. Cuba preparó lo que se ha convertido en otra gran contribución a la historia de la Salsa: la Timba.